Intensa fue la relación entre Villella, situada a unos 3 km. de Antigüedad, y el cercano Monasterio de San Pelayo, desde que en el 934 se le hiciera donación de la misma, allá en las primeras etapas de la repoblación en la reconquista.
Alfonso VII entrega la posesión del valle de Villella al mencionado monasterio en 1145, Los monjes de San Pelayo intervienen en la construcción de San Miguel, monasterio fuertemente ligado a nuestro poblado, posiblemente sobre el que se construyó la ermita actual. Y estos mismos monjes son los que actúan en el traspaso de Villella a Antigüedad en 1428.
El lugar no debió conocer mayor desarrollo que el de una pequeña villa, de ahí el nombre de Villella, justamente lo que los romanos llaman granja…Al iniciarse la reconstrucción de la ermita, hundida en el siglo XIX, se descubre en el suelo una iglesia de planta prerrománica mozárabe, cuyo orígen data del siglo IX, con un presbiterio cuadrado y columnas que ponen de manifiesto diversas influencias.
Las excavaciones han sacado a la luz las transformaciones que dicha iglesia sufrió, se piensa que pudo perder su función religiosa, dada la cantidad de silos encontrados en el suelo y el hallazgo de un horno de fundir cobre y bronce que estuvo funcionando hasta el siglo XV.
Durante el siglo XII se construye una nueva iglesia que se mantienen alzada hasta el siglo XIX, y fuera de su solar, prosiguiría operando el horno. La parroquia de Antigüedad guarda la imagen románica de la Virgen a quien estuvo dedicada esta segunda iglesia.